话说，世界上大概没有比日本更庞杂的铁道系统了。
有JR（日本铁道），以前的日本国铁，是日本铁道的主力。 JR还按地域分JR东日本，JR西日本，JR东海，JR北海道和JR九州。
还有私铁--民办铁路，大多数属于地方上区域性的铁道。私铁还分大手（规模大实力强）私铁和小的地方私铁 。
每家铁道公司既有自己的单独的路线，又有重叠的线路。比如从大阪-神户，就有JR、阪急、阪神三家可以选择。
日本的列车种类，又分得特别细。也许日本人就是一个特喜欢分类的民族吧!
连日本人自己都自嘲说，读列车时刻表和票价表，简直像读松本清张和西村京太郎的推理小说。 
以JR为例，现在常见的列车至少可分为普通、快速、急行、特急、新干线这么几类。
普通：基本每站停车，速度最慢，也就60公里的样子。车费只收“运赁”-基本车费。
快速：停车站少于普通，时速90公里，也只收运赁。
特快：是特别快速的略称，相当于中国叫法的直快。只收运赁。
急行：停车站少于快速，时速90-120公里，除了收取运赁，还要加收“急行料金”-加急费。
特急：停站最少，速度最快，时速大约120-130公里。收运赁和特急料金。
快特：快速特急的略称，收费和特急一样。
新干线：这个大家都熟悉了，就是高铁，时速250-300公里。收运赁和急行料金。
复杂的车次系统之外，急行以上的车次座席分成自由席和指定席。普通车全部是自由席。
自由席就是散座，上车自己找空位子坐吧，反正一般来说日本的列车都比较空，位子找得到。不过，上下班高峰期和旅游旺季时，自由席找不到空座位的情况也经常发生。
指定席就是对号入座的席位，要在买票时指定座位。买指定席位的好处，是可以选择沿途风景好的一边坐，不过得再掏钱-指定料金。
车厢等级分两种，一种是普通等级，普通等级的席位有自由席和指定席两类；一种叫“グリーン車”-高等级车厢，VIP车厢。这个等级车厢一般只在特急以上车次才有，且全部为指定席。嗯，高级车厢的特权，大概也就是座位宽敞一点，可以在车内接听手机吧！（普通等级的车厢，从礼仪上来讲是不能在车内使用手机的，必须到车厢连接处的专门地点用手机）
JR有数量不多的“寝台车”--卧铺车。东京-札幌的卧铺车还是值得一坐的。卧铺车在上述车费之外另加卧铺费。
车费系统：
基本车费叫“运赁”。
加急费叫“急行/特急料金”。
定座费叫“指定料金”。
所以，日本铁道车费的构成是：
普通、快速的车费-运赁；
急行、特急、新干线的车费-运赁+急行（特急）料金+指定料金（可选）。
看起来复杂，实际买票的时候按售票机显示的金额付款就是了。
但是指定座位比较麻烦，如果没有事先在网上预约好的话，一般要在窗口找工作人员办了。或者先进入指定席车厢找个空位坐下，然后等着查票员来的时候补张指定席的票，交上指定料金即可。
优惠车票：
除了这些基本车票以外，各家铁道公司还推出了形形色色的一日、2日周游券（有些和旅游地门票联用），多次乘车的“回数券”，通勤票（类似于中国的月票），各个节日的优惠套票，学生假期特别优惠套票（例如青春18联票），面向外国旅游者的短期联票（例如JR的3日、4日、5日、7日、14日、21日Pass）等等。充分利用这些优惠票还是能省下不少银子的。具体可以在车站询问工作人员，他们一般都会很热心地向旅客推荐合适的票种。
或者，懂日语的可以直接上JR官网查询，每个时期的优惠票种和价格。不懂日语的可以看相应的英文版。英文日文都不懂的看日文版，大概猜猜也能猜出个7-8分意思。
车票以外，各家公司还有自家的各类IC交通卡，价格比较优惠，有些甚至有便利店的支付功能。日本铁道的IC交通卡有10种之多，原先在JR系和私铁系的各家公司间并不能全部通用，据说2013年春季之后会兼容通用。
简单描述一下的话，有JR各公司发行的「Kitaca」「Suica」「TOICA」「ICOCA/HARUKA」「SUGOCA」，东京地域私铁的「PASMO」，关西地区私铁的「PiTaPa」，名古屋交通局和名古屋铁道发行的「manaca」，福冈市交通局发行的「はやかけん」，西日本铁道的「nimoca」。
JR的Free Pass：
专为海外游客设计的通票，仅限于拥有短期签证的外国游客购买使用。
JR全国通用Pass，分连续使用的7、14、21日票，价格为28300日元、45100日元、57700日元。在海外代理点购买兑换券，在日本国内JR各站兑换。除新干线的希望号、瑞穂号之外，可乘坐全部JR列车和JR巴士（具体看Pass所附说明）。还能乘坐西日本宫岛轮渡。
地方JR的Pass，可以海外预购也可以在JR各站的绿色窗口购买。大站往往会有懂中文的职员。
JR北海道Pass，分3日、5日、7日连续使用票和任意4日票，价格为15000日元、19500日元、22000日元和19500日元。可乘坐JR北海道所有列车、JR北海道巴士。
JR东日本Pass，分5日、10日连续使用票和任意4日使用票，价格为20000日元、32000日元和20000日元。可乘坐JR东日本全线和空港联络线。支付追加特急等费用后也可以乘坐一部分私铁线路。
JR西日本Pass：
关西版：连续使用的1、2、3、4日票，价格为2000、4000、5000、6000日元；仅限京都-大阪-神户地域的普通车和巴士使用。
山阳版：连续使用的4日、8日票，价格为20000、30000日元，可乘坐JR西日本所有列车，使用范围为山阳地域，即大阪-京都-奈良-冈山-广岛-博多。
关西广域版：4日通票，价格7000日元，使用范围是大阪-京都-奈良-神户-姬路-滋贺-敦贺-和歌山南纪-冈山-城崎温泉地区，很实用。
关西-山阳-北九州-四国版：5日连续使用，22000日元，使用范围是大阪-神户-广岛-北九州和四国。
关西-山阳-全九州-四国版：5日连续使用，25000日元，使用范围是大阪-神户-广岛-九州全域和四国。

JR九州Pass，分北九州版和全九州版。

北九州版：3、5日连续票，价格7000、9000日元，仅限福冈、长崎、熊本、佐贺、大分地域使用。
九州全域版：3、5日连续票，价格14000、17000日元。这两种版本都可乘坐JR九州所有列车。
所有的JR Pass在有效期内都是可以无限次乘坐的。