内伶仃岛保护区位于珠江口内伶仃洋东侧，处在深圳、珠海、香港、澳门之间，总面积约554公顷，最高峰尖峰山海拔340.9米。内伶仃岛—福田自然保护区建于1984年10月，1988年5月晋升为国家级自然保护区，总面积约921.64公顷，它由内伶仃岛和福田红树林两个区域组成。其中，福田红树林区域是全国唯一处在城市腹地、面积最小的国家级森林和野生动物类型的自然保护区。

内伶仃岛峰青峦秀，翠叠绿拥，秀水长流，保存着较完好的南亚热带常绿阔叶林。植物种类繁多，有维管植物619种，其中白桂木、野生荔枝等为国家重点保护植物；野生动物资源也十分丰富，主要保护对象为国家二级保护兽类猕猴，总数达900多只，此外还有水獭、穿山甲、黑耳鸢、蟒蛇、虎纹蛙等重点保护动物。

福田红树林地处深圳湾东北岸，毗邻拉姆萨尔国际重要湿地——香港米埔保护区。红树植物具有“胎生”、“泌盐”及“特殊根系”等奇特的生态特征，福田红树林内有红树植物9科16种，主要是秋茄、木榄、桐花树、白骨壤、海桑等；茂密的红树林东起新州河口，西至海滨生态公园，形成沿海岸线长约9公里的“绿色长城”，总面积达367.64公顷。福田红树林有鸟类194种，其中卷羽鹈鹕、白肩雕、黑脸琵鹭、黑嘴鸥等23种为珍稀濒危物种，每年有10万只以上长途迁徙的候鸟在深圳湾停歇，是东半球国际候鸟通道上重要的“中转站”、“停歇地”和“加油站”。