仁慈堂博物馆，是位于澳门议事亭前地旁边的仁慈堂大楼内的博物馆，为澳门慈善机构仁慈堂的物业。仁慈堂博物馆于2001年12月14日正式揭幕，展出了大部份来自仁慈堂值理会主席飞安达的私人珍藏。其中不乏天主教会珍贵的宗教用品，直接反映了天主教在亚洲地区传教时的历史。其中最珍贵的展品当属用玻璃柜严加保护的《澳门仁慈堂章程》的手抄本原件。这也是仁慈堂现存最早期也是保存最好的历史文献，对于研究仁慈堂和澳门的历史发展有着重要的意义。

　　仁慈堂博物馆所在的仁慈堂大楼始建于18世纪，在1905年才改建为现时模样。在2005年，以澳门历史城区的部分被列入世界文化遗产的名录内。

　　仁慈堂博物馆的珍藏包括：印有耶稣会徽号的陶瓷器皿、仁慈堂的历史文献《澳门仁慈堂章程》手抄原件、白马行医院的铜钟、天主教的一些祭器用品和圣像等文物。这些历史文物都反映了天主教在亚洲活动与其衍生的文化特色。另外，仁慈堂博物馆还存放了仁慈堂创建者贾耐劳（澳门天主教第一任主教）的全身画像、头颅遗骨和陪葬品十字架。