建於1928年，这座小教堂的建筑形式类似澳门一般教堂的巴罗克式建筑。教堂的外墙为白色，椭圆形窗户及一座钟楼，教堂前有一座纪念碑，以纪念当地1910年战胜海盗一役。

本有一银色骨箱，自1978年起移入，箱内盛载着圣方济各的手骸圣镯，现时已被送到圣若瑟修院收藏。圣方济各在四百多年前跟随传教士自日本到达中国南部沿海，1552年於澳门附近的一个小岛逝世。此外，原本存在教堂内并存有1835年大三巴圣堂火灾後所遗下59位日本籍及14位越南籍死者的圣镯，就被移到大三巴牌坊後的天主教艺术博物馆内。

圣方济各教堂是圣马力诺天主教方济各会的教堂。它位于圣马力诺首都圣马力诺市圣方济各门右侧，该门原来是圣方济各教堂的正门，如今已改为进入首都圣马力诺市的大门。圣方济各教堂建于14世纪，是圣马力诺最古老、最富有艺术性的建筑之一。17、18世纪间曾几次重修，而改建结果，却使教堂失去了原有的风采。直到20世纪70年代，由建筑师吉诺·扎尼将教堂的正面和门廊重新修复，才又使之恢复了原貌。