香港万佛寺院舍分高低两组建筑群，低层包括万佛塔、万佛殿、韦驮亭、观音亭及十八罗汉阁。万佛殿内供奉佛像逾万尊，姿态各异；而殿中还供有月溪法师之打从参禅塑像；殿外的观音像、文殊、普贤菩萨像及罗汉像等均造像雄伟，极为壮观。万佛塔高九层，塔内外均供有佛像，设计独特，故被选用作港币一百元钞标之图案。万佛寺高层建筑包括玉皇殿、淮提殿、观音殿及弥陀殿。惟于1997年7月的连场暴雨将万佛寺后之数幅斜坡冲毁，整组殿宇亦严重受损，现正在维修中。

主庙正殿为万佛堂，成正方形，沿墙四周有九层木架，上面摆满了一尺高的佛像，据说木架上的小佛像总数为12800尊。

庙堂中还有较大佛像42尊，释迦佛、文殊、普贤、观音、地藏及18罗汉等。

主庙外是一个平台广场，广场中还有很多较大佛像，其中最高一尊即护法大神韦驮。

这些大大小小的佛像可说是该庙的特色。

每逢农历正月十五元宵节同四月初八浴佛节，寺内会举行法会，由法师主礼诵经，祈求香港繁荣，世界和平，法师用白米砌出丁、财、贵、寿、慧五字，善信参拜后，取小量煮食，据说有转运解难既作用。